Durante la Independencia

La fortaleza permaneció sin mayores incidentes hasta 1806 cuando se empezó a gestar la independencia del Perú. Fue entonces cuando el virrey José Fernando de Abascal y Sousa, ordenó la construcción de un almacén para las armas y la artillería, así como un aljibe que pudiera contener agua para abastecer a dos mil hombres por cuatro meses de ocurrir un sitio a la fortaleza.8

El Almirante Guillermo Brown realizó un bloqueo al puerto del Callao el 21 de enero de 1816. Al mando de una flotilla, Brown capturó algunos barcos españoles y bombardeó el puerto sin causar mayores daños. Fueron contestados por los cañones de los castillos y de las baterías terrestres que obligaron a retroceder a los atacantes.

El 16 de enero de 1819 la fortaleza rechazó el ataque libertador del almirante Lord Thomas Cochrane, durante el gobierno del virrey Joaquín de la Pezuela. Ese intento infructuoso obligó al general José de San Martín a entrar a la capital por Pisco y no por el Callao. Una vez declarada la independencia, se ordenó el sitio del fortín, que se hallaba bajo dominio español al mando del general José de La Mar. El 19 de septiembre de 1821, al ver la escasez de alimentos y la amenaza de epidemia que sufrían sus tropas, La Mar decidió entregar la plaza y unirse a las fuerzas independentistas. San Martín entonces renombró la fortaleza bautizándola como «Castillo de la Independencia».

La fortaleza volvió a dominio español tras la Sublevación del Callao realizada por el sargento Dámaso Moyano en 1824, tomando el mando de ésta el brigadier español José Ramón Rodil y Campillo, quién negándose a reconocer la capitulación de Ayacucho, se encerró en la fortaleza y resistió el sitio de las fuerzas patriotas hasta el 22 de enero de 1826, en que entregó la plaza al ver que la ayuda de España no llegaba. Esta acción fue el fin del Imperio español en América del Sur, pues el mismo día se juraba la independencia de Chiloé, que fue anexionado a Chile con la firma del Tratado de Tantauco una semana antes.